故事以19世纪的开曼群岛为背景，索尔达娜饰演居住在加勒比海地区的埃克塞尔，这是一个非常强势的女性角色，当她的岛屿被凶残的海盗入侵时，她过去的秘密将被揭开。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。